Решение задач биоинформатики при помощи веб - и интернет-сервисов

Учебно-методическое пособие. - Иркутск: Иркутский гос. ун-т, 2011. - 50 с.Учебно-методическое пособие содержит примеры использования современных веб- и интернет-сервисов для решения возникающих перед биологом биоинформатических задач. В нем освещены общие вопросы работы с биологическими последовательностями и пространственными моделями, кратко описаны применяющиеся в биоинформатике форматы файлов, содержится обзор основных биологических баз данных и сервисов работы с ними. Рассмотрены примеры работы с сервисами для поиска последовательностей, множественного выравнивания, филогенетического анализа, для молекулярного компьютерного моделирования трехмерных структур белков, поиска научных статей по заданным критериям и др. Особое внимание уделено построению пространственных моделей по гомологии. Задача пособия – дать первоначальные навыки работы с биоинформатическими сервисами и базами данных.Предполагается, что читатель является уверенным пользователем персонального компьютера и имеет навыки навигации и поиска данных в сети Интернет. Для студентов, аспирантов, преподавателей интересующихся биоинформатикой.СодержаниеВведениеПодготовка рабочего местаБазы данных для биоинформатика: инструмент и результатGenBank – база данных биологических последовательностейProtein Data Bank – банк данных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислотPubMed – база публикаций по медицине и биологииКонтрольные вопросыПрограммы и форматыUCSF Chimera и формат PDBРедактор JalView и FASTA - форматКонтрольные вопросы Интернет- и веб-сервисы: основные понятия, проблемы и перспективыПринципы работы интернет- и веб-сервисовВыравнивание последовательностей в MAFFTGeneBee и Bri-shur: сделано у насОблачные вычисления – дорога в будущееКонтрольные вопросыУчебная работа по моделированию пространственной структуры биологического объектаЗаданиеИзвлечение знаний (Data mining)Анализ вирусного белка NS3Скрининг по гомологииСкрининг с кластеризациейПостроение филогенетического древаКонструирование трехмерной структуры вирусного белка NS3Система поиска научных статей в базе данных МедлайнИсследование функциональных доменов вирусного белка NS3Необходимое послесловие к моделированиюСписок рекомендованной литературы